Jean-Mathieu Pernin est diplômé d'une école de journalisme à Paris[2] et il réalise un stage à Oüi FM en 1999[3].
Fils de Jean-François Pernin (1942-2024) et petit-fils de Paul Pernin (1914-2006) qui étaient des hommes politiques des gouvernants de droite.
Radio
Il fait ses premiers pas à la radio lors d'un stage chez Ado FM, une radio associative Parisienne, à la fin du lycée[3].
Il intègre ensuite Oüi FM lors d'un stage au cours de ses études de journalisme. Il devient petit à petit animateur régulier dans l'émission Le Monde de Monsieur Fred, en compagnie de Frédéric Martin et Daniel Morin. Il interprète le personnage de Léon-Tom Cruise de 1999 à 2003. Il participe également à l'écriture de sketchs, ainsi qu'à plusieurs scènes au Réservoir, au Trabendo et à la Cigale[3].
Il continue sa carrière comme chroniqueur dans Le Fou du roi sur France Inter entre 2008 et 2011[4], puis devient chroniqueur culturel sur France Info durant l'été 2008[5].
À partir de la rentrée 2008, il anime la chronique culturelle Tête d'affiche sur France Info, puis anime sur cette même radio la chronique La face B de l'info entre 2011 et 2014.
Entre 2010 et 2011, il réalise une interview quotidienne d'une personnalité politique ou issue de la société civile dans l'émission L'invité de France Info.
Il anime l'émission Les Informés entre 2014 et 2018 simultanément sur les antennes radio et télévision de France Info[6], puis anime la chronique Vous en parlerez aujourd'hui dans la matinale de France Info[7].
Jean-Mathieu Pernin démarre à la télévision comme chroniqueur dans l'émission On aura tout vu sur Direct 8 en 2007: il y présente une revue de presse[10].
Durant l'été 2021, il anime la tranche 17h-20h sur LCI le week-end[13].
À partir du , il anime le «19-21», nouveau rendez-vous d’information sur Arte chaque soir de la semaine entre 19 heures et 21 heures[14].
En juillet et , il présente la tranche 10h-12h sur LCI le week-end.
Depuis la rentrée de , il devient chroniqueur spécialisé international sur franceinfo, et présentateur remplaçant, notamment sur les tranches d'avant-soirée ou lors de la matinale des vacances de Noël 2025 du canal 16 de la TNT, marquant ainsi son retour sur franceinfo, mais non pas en radio, mais uniquement en télévision.