Jean-Paul Daudou adhère à l'âge de 18 ans à l'Union des démocrates pour la République (UDR)[6]. En , le conseil municipal l'élit comme premier adjoint, délégué aux finances et au développement économique[2]. En , lorsque Xavier Darcos remplace Yves Guéna[7] au poste de maire de Périgueux, Jean-Paul Daudou devient le premier adjoint de la ville[8]. En , il succède à Xavier Darcos, récemment élu Ministre délégué à l'Enseignement scolaire[9]. Dans un classement établi par L'Express cette même année, Jean-Paul Daudou fait partie des «50 qui font bouger Périgueux»[6]. En , lorsque Xavier Darcos quitte ses fonctions de ministre délégué à la Coopération, au Développement et à la Francophonie et redevient maire de Périgueux, Jean-Paul Daudou reprend la fonction de premier adjoint.
Il est nommé chevalier de la Légion d'honneur par décret du , au titre de ses «36 années d'activités professionnelles, de services militaires et de fonctions électives»[10].
