Grand officier de la légion d'honneur. Grand officier de l'ordre national du mérite. Croix de la valeur militaire (six citations) Croix de guerre des théâtres d'opérations extérieures (une citation)
En 1976, il est affecté au groupement d'instruction des troupes de marine à Fréjus en qualité de chef de section. En , il continue d'occuper les fonctions de chef de section au bataillon d'infanterie de marine de Tahiti.
En , il rejoint le 2erégiment d'infanterie de marine au Mans où il exerce la fonction de chef de commando au détachement d'assistance opérationnelle. Le , il prend le commandement de la 4ecompagnie de combat.
En , il est désigné pour servir à l'état-major du commandement supérieur des Antilles-Guyane à Fort-de-France, comme chef de la section soutien du bureau logistique. En , il rejoint les écoles de Coëtquidan en qualité d'officier supérieur adjoint du chef d'état-major. En , il est admis comme stagiaire de la 102epromotion de l’École supérieure de guerre à Paris. En , de retour au 2erégiment d'infanterie de marine au Mans, il prend les fonctions de chef du bureau opérations-instruction. De à , il est chef du 3ebureau de l'état-major des forces armées de Nouvelle-Calédonie. Le , il prend le commandement du 2erégiment d'infanterie de marine au Mans. En , il est détaché à Bangui comme conseiller défense du président de la République centrafricaine.
À son retour en métropole en , il est nommé chef d'état-major de la 9edivision d'infanterie de marine à Nantes. De à , il commande les forces terrestres stationnées à Djibouti. D’ à , il sert à l’état-major des armées comme chef de la section Afrique-Proche et Moyen-Orient de la division «monde et moyens». De à , il est adjoint au général commandant l’état-major de force (no) à Besançon. De au , il commande la 9ebrigade légère blindée de marine. Du au il occupe les fonctions d’adjoint pour l’outre-mer au il occupe les fonctions d’adjoint pour l’outre-mer et l’étranger du général gouverneur militaire de Paris, commandant la région terre Ile-de-France et commandant organique terre pour l’outre-mer et l’étranger. Il est nommé adjoint au général commandant la force d'action terrestre à Lille le puis commandant en second des forces terrestres du au .
Admis en 2esection des officiers généraux le , il est titulaire d’un module d’enseignement à l’Institut d'études politiques de Strasbourg pour le master 2 Sécurité de l'Europe et stabilité internationale et intervenant à l’École nationale d'administration sur des sujets touchant à la politique de sécurité et de défense[2].
Jean-Paul Thonier est marié et est père de deux filles.