Seigneur de Fontaine-lez-Dijon et de Pouilly, fils d'Étienne Bouhier[1], également conseiller au Parlement et de sa seconde épouse, Madeleine Giroud, il épousa, quant à lui, Jeanne Claude Bernardon.
Jean Bouhier fut nommé conseiller au parlement de Dijon en 1653. Il est notamment le père du premier évêque de Dijon, Jean Jacques Bouhier.