«Sade et le rationalisme des Lumières», Raison présente, no3, , p.75-90 (lire en ligne).
«Les anti-Lumières», in Histoire de la philosophie. 2, De la Renaissance à la révolution kantienne, sous la dir. d'Yvon Bélaval, coll. «Encyclopédie de la Pléiade», Gallimard, 1973, p. 717-727.
«La Mettrie et l'immoralisme sadien», Annales de Bretagne, 1976, 83, p.745-750.
La philosophie de l'inquiétude en France au XVIIIesiècle, Paris, Vrin, 1979, 454 p.[5]
«Descartes et le «génie» de Socrate», dans Jean-Luc Marion (dir.) avec la collab. de Jean Deprun, La passion de la raison: hommage à Ferdinand Alquié, Paris, Presses universitaires de France, coll.«Épiméthée», (lire en ligne), p.145-158.
De Descartes au romantisme: études historiques et thématiques, Paris, Vrin, coll. «Vrin reprise», 1987, 198 p. [recueil de textes parus entre 1965 et 1984].
«Comment l'Être suprême entra dans la Bible», in Le Grand Siècle et la Bible, sous la dir. de Jean-Robert Armogathe, Paris, Beauchesne, 1989, p. 315-323.
«Fontenelle, Rousseau et la casuistique du mensonge», in Fontenelle: actes du colloque tenu à Rouen du 6 au , publiés par Alain Niderst, Paris, Presses universitaires de France, 1989, p. 423-431.
Éditions
Boris M. Teplov, Psychologie des aptitudes musicales, trad. par Jean Deprun, Paris, Presses universitaires de France, coll. «Bibliothèque scientifique internationale. Section Psychologie», 1966, 418 p.
Maurice Merleau-Ponty, L'union de l'âme et du corps chez Malebranche, Biran et Bergson: notes prises au cours de Maurice Merleau-Ponty à l'École normale supérieure (1947-1948), recueillies et rédigées par Jean Deprun, Paris, Vrin, coll. «Bibliothèque d'histoire de la philosophie», 1968, 131 p. [nouvelle éd. revue et augmentée d'un fragment inédit en 1978].
Jean Meslier, Œuvres complètes, sous la dir. de Roland Desné; notes par Jean Deprun [et al.], Paris, Éd. Anthropos, 1970-1972, 3 vol.
Baron d'Holbach, Le bon sens ou Idées naturelles opposées aux idées surnaturelles, Paris, Éd. rationalistes, coll. «Lumières de tous les temps», 1971, XXXII-267 p.
Diderot, Œuvres complètes. 25, Essai sur les règnes de Claude et de Néron: idées VII, éd. critique et annotée présentée par Jean Deprun [et al.], Paris, Hermann, 1986, 510 p.
Jean-Jacques Rousseau, Discours sur l'origine de l'inégalité, présentation et commentaires de Jean-François Braunstein; préf. de Jean Deprun, Paris, Nathan, coll. «Les intégrales de philo, 1990, 159 p.
Sade, Œuvres. 1, éd. établie par Michel Delon, Paris, Gallimard, coll. «Bibliothèque de la Pléiade», 1990, LXXXV-1363 p. [introduction par J. Deprun: «Sade philosophe»].
Sade, Œuvres. 3, éd. établie par Michel Delon; avec la collab. de Jean Deprun, Paris, Gallimard, coll. «Bibliothèque de la Pléiade», 1998, XXII-1638 p.
↑ Correspondances: mélanges offerts à Roger Duchêne: études réunies par Wolfgang Leiner et Pierre Ronzeaud, Tübingen, G. Narr, , 545p. (ISBN978-3-8233-4603-6, lire en ligne).