Associé au trône dès 979 par son père MarinusII, qui s'était emparé du pouvoir après la mort de son frère Grégoire en 978, il est nommé duc et consul entre et janvier 986. Il accède au trône après la mort de son père et s'associe comme co-régent en 991 son jeune fils JeanIV.
Le territoire du duché de Gaète avait été partagé avec le temps entre les nombreux héritiers de la lignée de Docibilis: Léon, frère de Jean était devenu duc héréditaire de Fondi en 992; la même année, les frères de Jean, Grégoire et Daufer furent reconnus comme comtes de Castro d'Argento et Traetto; en 997, un autre frère, Bernard, devient évêque de Gaète; Marinus un autre frère est lui associé comme dux de Fondi en 999. La même année 999, l'empereur OthonIII du Saint-Empire confirme l’indépendance des différents apanages de Gaeta c'est-à-dire du duché de Fondi, des comtes de Castro d'Argento et de Traetto. Malgré cette réduction formelle du pouvoir du duc de Gaète, les frères de Jean lui restent fidèles et malgré la confirmation de leur pouvoir par l'Empereur ils le reconnaissent personnellement comme primus inter pares.
En janvier 998, Jean séjourne dans le monastère de Saint-Nil de Rossano. Le , OthonIII lui concède le château de Pontecorvo, comme récompense de sa fidélité à l'Empire et de sa participation militaire à la campagne impériale contre le duché de Naples et la principauté de Capoue: il semble qu'alors que le duché de Gaète devient un vassal du Saint-Empire. L'ultime mention de JeanIII dans les annales est de l'année 1008, il meurt sans doute peu après peut-être dès 1009). Son fils Jean lui succède. Son épouse, Émilie, assumera la régence successivement pour son fils JeanIV de Gaète et pour son petit-fils JeanV de Gaète.
