Revenu à Louvain il y termine ses études de théologie et est ordonné prêtre à Paris en 1607. En il est à Bruxelles comme maître de chœur à la chapelle de l’archiduc Albert d'Autriche. Apprenant que seul le devoir filial de subvenir aux besoins de ses parents empêche le jeune Vaisseau de satisfaire sa vocation missionnaire, l’archiduc offre l’aide financière nécessaire.
Libéré de ce poids, Jean entre une seconde fois au noviciat de Tournai (). Il est destiné à la province du Paraguay; il arrive à Buenos Aires le . Il est immédiatement envoyé dans la Réduction récemment fondée (en 1610) de Notre-Dame de Lorette (Loreto, Guayrà). Il en est le supérieur de 1620 à 1623.
Il introduit auprès des Guaranis la musique et les chants de chœur. Ses talents de musicien et compositeur sont appréciés. Chant et musique deviennent un outil important du travail d’évangélisation, particulièrement auprès des Guaranis, très portés sur la musique. Le succès remporté fait que la musique devient partie intégrante de l’enseignement dans les Réductions.
Vaisseau est reconnu comme un des musiciens les plus importants de l’Amérique coloniale du XVIIesiècle. Il meurt le à Loreto (Parana, Brésil).
Bibliographie
P. Delattre et Ed. Lamalle: Jésuites wallons, flamands, français, missionnaires au Paraguay, in AHSI, vol.17, 1947, pp.114-117.
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