Jean de Bavière est le fils du comte PalatinÉtienne de Deux-Ponts-Simmern et de son épouse, Anne de Veldenz. Il étudie en Italie à Rome et Bologne. Il est désigné comme évêque de Münster le avant d'être ordonné prêtre un an après le et consacré évêque le .
Après la mort de l'archevêque Frédéric III de Magdebourg le , le chapitre de chanoines de la cathédrale l'élit unanimement comme son successeur le . Le , son élection est confirmée par le pape Paul II. Il est devient ensuite archevêque lorsqu'il reçoit la bulle pontificale cependant comme il a contracté des dettes à Münster il ne peut accepter son nouveau siège que le . Il est installé à Magdebourg, bien que Halle soit la capitale officielle de son archidiocèse, parce que les habitants de Halle s'opposent à lui. Le , il trouve un compromis avec la cité de Halle. Il paie 3 000 florins rhénans et la cité lui rend hommage le .
Afin d'assurer l'expansion de l'influence de son archidiocèse, il acquiert plusieurs possessions, dont Bernbourg, Sandersleben, Gröbzig, Wormsdorf, Hohenerxleben, Gänsefurth et Jerichow. Il tente d'établir des relations pacifiques entre son évêché et les États voisins. En 1471, il intervient lors de la Paix publique de Nuremberg et lutte contre les barons brigands de la région. Il sert de médiateur entre les cités hanséatiques et l'électorat de Brandebourg. Il aide les cités de son territoire à développer leurs libertés par des concessions. Le , Jean et les citoyens de Calvörde assiègent le château de Calvörde, afin d'y arrêter Frédéric et Bernd von Alvensleben comme voleur de rue à Calvörde et pour avoir détroussé des marchands de Breslau. Les deux frères étaient également recherchés par le duc Henri II de Brunswick-Lunebourg comme voleurs de grands chemins.
Jean meurt le , exactement onze ans après son élection. Il décède dans sa résidence du château de Giebichenstein. Il est inhumé dans la cathédrale de Magdebourg, à côté de son prédécesseur Frédéric III de Beichlingen.
