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Jefferson Thomas, le dernier d'une famille de sept enfants, est né à Little Rock de M. et Mme Elis Thomas. Ses parents l'ont nommé d'après le président des États-Unis, Thomas Jefferson. Thomas a tout d'abord fréquenté le lycée Horace Mann, réservé uniquement aux Noirs, où il a pratiqué l'athlétisme. En 1957, il s'est porté volontaire pour faire partie du premier groupe d'étudiants noirs à intégrer le lycée Central de Little Rock, jusqu'ici réservé uniquement aux Blancs, afin d'y réaliser sa deuxième année.
Le , les Neuf de Little Rock ont fait une première tentative infructueuse pour entrer dans le lycée Central. La Garde nationale de l'Arkansas, sous les ordres du gouverneur, et une foule en colère d'environ 400 personnes entouraient l'école et les ont empêchés d'entrer. Le , une foule d'environ 1 000 personnes, a à nouveau bloqué l'accès de l'école lorsque les neuf étudiants ont tenté d'y entrer. Le lendemain, le Président Dwight D. Eisenhower a pris le contrôle de la garde nationale de l'Arkansas et a envoyé des soldats pour accompagner et protéger les élèves à l'école. Des soldats ont été déployés à l'école pour l'ensemble de l'année scolaire.
