Enfant, il est très influencé par son grand-père maternel, un horloger. Lorsqu'il a 9 ans, ce dernier l'emmène voir le télescope de Joseph P. Wampler à Brownsville[3]. Cette visite va l'influencer pour le restant de sa vie. Après être allé à l'école jusqu'à 15 ans, il va apprendre lui-même à construire des machines et en faire commerce dès ses 20 ans.
Passionné d'astronomie, mais ne pouvant se payer de télescope, il s'en construit un à côté de sa maison.
En 1880, il démarre une fabrique d'instruments astronomiques et tente diverses expériences. Il développe une méthode consistant à recouvrir la surface de miroir avec de l'argent[4] (cette méthode ne sera dépassée qu'en 1932). Il fonde ensuite la "John A. Brashear Co.". Ses instruments d'optiques et de précision sont largement appréciés dans le monde scientifique de l'époque[5].
De 1901 à 1904, il occupe le poste de chancelier à la Western University of Pennsylvania[6].
Sa tombe se trouve dans la crypte de l'observatoire Allegheny de Pittsburgh avec cette citation We have loved the stars too fondly to be fearful of the night[7].