John Baptist Kaggwa, né le à Bulenga(en), dans le district de Wakiso (Buganda) et mort le 20 à Mulago en Ouganda est un évêque catholique ougandais.
John Baptist Kaggwa est élève de 1952 à 1957 à l'école primaire de garçons de Lubaga, puis au petit séminaire de Kisubi. Ensuite, il étudie la philosophie et la théologie au grand séminaire de Katigondo et à partir de 1965 à l'université Urbaniana de Rome. Il est ordonné diacre en et prêtre le à Rome.
Après avoir été nommé docteur en théologie, de l'Urbaniana, il est pendant cinq ans vice-recteur du collège missionnaire pontifical international Saint-Paul de Rome, puis il rentre en Ouganda pour devenir régent du séminaire St. Mbaaga de Ggaba.