Dès 1978, il étudie à l'université de Fribourg en Suisse où il obtient une licence en théologie en 1982[1], puis il est envoyé dans une paroisse de l'archidiocèse de Kumasi(de) au Ghana jusqu'en 1986[1]. Ensuite, pendant trois ans, il travaille pour la congrégation au conseil provincial de Dublin. Il est nommé recteur de l'Institut spiritain de philosophie d'Ejisu, au Ghana de 1990 à 1994. En 1994, le P. Fogarty retourne en Irlande, comme assistant du supérieur provincial, jusqu'en 1998, puis il est à la maison généralice de Rome en tant que premier assistant du supérieur général (Pierre Schouver), jusqu'en 2004[2].
Il est élu en , provincial de la province spiritaine des États-Unis. Il est réélu en 2012 pour un deuxième mandat, mais très peu de temps après, le chapitre général, réuni à Bagamoyo en Tanzanie, le met à la tête de la congrégation, qu'il dirige jusqu'en 2021[1],[2].
Publications
Afrique, à l'ombre des dieux: Collections africaines de la Congrégation du Saint-Esprit (préf.John Fogarty), Somogy éditions d'art, (ISBN978-2757211663)