Après avoir quitté l'armée britannique, John Gordon MacWilliam rejoint les Missionnaires d'Afrique, société catholique de vie apostolique, connue aussi sous le nom de Pères blancs, fondée par le cardinal Lavigerie. De 1984 à 1986, il étudie la philosophie au Society's Missionary Institute à Londres. Il est à Fribourg, en Suisse, en 1986 et 1987, puis passe deux ans de formation au Maghreb. De 1989 à 1992, il étudie la théologie à Londres.
En , il prononce ses vœux devenant ainsi membre des Missionnaires d'Afrique (M. Afr.) Il est ordonné diacre en et prêtre le . Il poursuit ensuite ses études, étudiant l'islam à Institut pontifical d’études arabes et d'islamologie de Rome entre 1992 et 1995.
En 1994, quatre membres de la mission du Père Blanc à Tizi Ouzou, en Algérie, sont assassinés dans leur maison. En 1995, il se porte volontaire pour rouvrir la mission de Tizi Ouzou. Il sert en Algérie de 1995 à 2008, période de guerre civile pendant laquelle la violence contre les chrétiens augmente. Il travaille ensuite en Tunisie. Il est élu supérieur provincial des Pères blancs pour l'Afrique du Nord (couvrant l'Algérie et la Tunisie) en 2015.
