Sa famille immigre d'Irlande au canton Seymour(en), au Haut-Canada, en 1850 où il travaille sur une ferme jusqu’en 1856. La vie de ferme ne lui convenant pas, il devient instituteur dans les écoles de rang. Il s'installe à Belleville en 1860, où il enseigne dans les écoles publiques jusqu’en 1874[2].
À Belleville, il consacre ses temps libre à la constitution d'un herbier. Ses collaborations avec William Jackson Hooker et Asa Gray contribuent à sa réputation, qui lui vaudra l'honneur d'assumer la chaire d'histoire naturelle de l'Albert College(en) dès sa création en 1868[2]. Botaniste autodidacte, ses travaux sont reconnus rapidement par la communauté académique; l'Université de Syracuse lui décerne une maîtrise ès arts[7],[6]honoris causa en 1868[8].
En 1884, John Macoun accompagne Albert Peter Low lors de son premier voyage dans la région du lac mistassini pour des fins d'identification de la flore présente. L'équipe revient à Ottawa en empruntant la rivière Rupert. En 1887, il retourne dans la Baie-James avec Albert Peter Low en longeant les côtes de la baie[10].
12Ray Desmond (1994). Dictionary of British and Irish Botanists and Horticulturists including Plant Collectors, Flower Painters and Garden Designers. Taylor & Francis and The Natural History Museum (Londres)
