Fils de Nicholas Nelson, John nait vers 1535 à Skelton dans le Yorkshire, en Angleterre. Dans sa jeunesse il était déjà connu pour son attachement indéfectible à la foi catholique, et critiquait ouvertement, malgré la présence d’espions, ceux qui pour éviter une amende participaient aux offices religieux protestants.
En novembre 1576, il rentre dans son pays pour soutenir pastoralement les catholiques persécutés. Il n'ignore pas que ce ministère est dangereux. Il est actif dans la région de Londres. À peine un an plus tard, le il est surpris par les «chasseurs de prêtres» et arrêté dans sa résidence «tard dans la soirée, alors qu’il lisait son bréviaire». Il est incarcéré à la prison de Newgate.
Lors de l’interrogatoire, une semaine plus tard, John Nelson refuse de prêter le serment reconnaissant la suprématie de la reine Élisabeth Ire en matière spirituelle et est induit par les commissaires à déclarer la reine «schismatique». En vertu de la législation de 1571, c'est là un crime de haute trahison le rendant passible de la peine de mort. Aussi, le Nelson est-il condamné à mort. Le procès terminé il est enfermé dans un cachot souterrain de la tour de Londres, que l’on appelle la «fosse de la tour». Il est au pain sec et à l’eau, mais parvient à célébrer la messe. Alors qu’il se trouve en prison il demande et obtient d’être admis dans la Compagnie de Jésus.
Le jour de son exécution, le , il refuse l’aide de pasteurs protestants, mais rencontre les membres de sa famille. Il est emmené à Tyburn où on lui permet de s’adresser aux badauds, largement hostiles à la cause catholique. Lorsqu’il lui est enjoint de demander pardon à la reine il répond: «je ne lui demanderai pas pardon car je n’ai rien fait qui ait pu l’offenser». Il demande aux catholiques présents dans la foule de se joindre à lui dans la prière et récite le Credo, le Notre Père et l’Ave Maria en latin. Nelson est alors pendu. Ses dernières paroles sont, semble-t-il: «Je pardonne à la reine et tous ceux qui sont cause de ma mort».
