En 1670, le père de Stonhouse tente de renoncer au brevet de création de la baronnie existante et d'en obtenir un nouveau accordé par le roi Charles II afin de déshériter son fils aîné George, de la baronnie. Cela donne l'héritage à John, son deuxième fils à la place. Cependant, il est plus tard conclu qu'une nouvelle création ne pouvait pas remplacer une ancienne création et ainsi à la mort de son père en 1675, Stonhouse hérite de la création de 1670, tandis que son frère George peut réclamer le titre original[3].
En 1675, Stonhouse est élu député d'Abingdon au Parlement cavalier. Il est réélu aux deux élections de 1679, en 1681 et 1685. Aux élections de 1689, il est battu par le whig Thomas Medlycott, mais le scrutin est annulé après une émeute. Lorsque le scrutin a lieu à nouveau en mai, John Southby (un autre whig) est élu, mais Stonhouse dépose une pétition électorale pour contester le résultat. Il réussit finalement, la Chambre des communes statuant en sa faveur le , mais le Parlement est dissous le et Stonhouse ne reprend jamais son siège [4].
Stonhouse épouse le , Martha Spencer, veuve de Richard Spencer, marchand de Londres et fille de Robert Brigges et de son épouse Sarah Moreton, fille de Thomas Moreton, de Shiffnal, Shropshire[1].
