En 1998, Vickers devient économiste en chef à la Banque d'Angleterre pendant deux ans. Il est également membre du Comité de politique monétaire. De 2000 à 2005, il est président de l'Office of Fair Trading.
En , Vickers devient président de l'Independent Commission on Banking (ICB) fondée au Royaume-Uni[2]. La tâche de l'ICB est d'envisager des réformes structurelles et non structurelles du secteur bancaire britannique afin de promouvoir la stabilité financière et la concurrence (au lendemain de la crise bancaire de 2008). La commission fait ses recommandations finales au gouvernement britannique en , à savoir l'introduction de la séparation entre la banque de détail et la banque d'investissement afin de se protéger contre les risques financiers[3].
John Vickers a écrit sur une vaste gamme de sujets économiques. Ses recherches économiques actuelles portent sur la concurrence et la réglementation[4].