Jonathan Lacôte a suivi une scolarité à Hove (Royaume-Uni), Treillières , Nantes et Paris (lycée Condorcet ). Diplômé de l'Institut d'études politiques de Paris et de l'Institut national des langues et civilisations orientales (INALCO) en hongrois et estonien , il est entré au ministère des Affaires étrangères par le concours de conseiller des affaires étrangères du cadre d'Orient (anciennement dits « secrétaires des Affaires étrangères ») dans la section « Europe centrale » en 1997.
Après avoir travaillé au service de la politique étrangère et de sécurité commune (PESC), il est nommé en 2001 conseiller à l'ambassade de France à Belgrade (alors en république fédérale de Yougoslavie ) avant de devenir en 2003 chef du bureau de l'ambassade de France à Podgorica au Monténégro, avant l'accession de ce pays à l'indépendance. Premier secrétaire à l'ambassade de France à Berlin en 2005, il devient en 2007 conseiller technique chargé des relations extérieures de l'Union européenne et de la coopération franco-allemande au cabinet du secrétaire d'État chargé des Affaires européennes, Jean-Pierre Jouyet . Il a conservé ces fonctions auprès de son successeur, Bruno Le Maire , avant de devenir (juin 2009 ) directeur adjoint, puis (juillet 2009 ) directeur de cabinet du secrétaire d'État chargé des Affaires européennes, Pierre Lellouche [ 1] .
Sous-directeur des personnels à la Direction des ressources humaines du ministère des Affaires étrangères à compter de 2011, il est de 2014 à 2017, ministre-conseiller (adjoint au chef de mission) à l'ambassade de France à Londres [ 2] . En 2017, il est nommé ambassadeur de France en Arménie et le reste jusqu'en août 2021 . Il est alors remplacé par Anne Louyot[ 3] .
Il est nommé chef de service à l'administration centrale du ministère de l'Europe et des affaires étrangères pour exercer les fonctions de directeur général adjoint des affaires politiques et de sécurité, à compter du 1er septembre 2021 .
Le 24 juillet 2024 , il est nommé ambassadeur de France en Hongrie [ 4] .
Il a enseigné en tant que maître de conférences à l'IEP de Paris et à l'INALCO .