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Bras droit et disciple de l'évêque de Périgueux, Joseph Bonnet en a hérité les traditions créées par le cardinal Guibert, et sa dévotion pour Notre-Dame de Bon Secours. Soit par ses écrits, soit par sa direction, soit par ses interventions personnelles, et sa présence fréquente, il est devenu l'âme du pèlerinage. Son action a contribué à la sauvegarde du sanctuaire.
Dès le début de son épiscopat, il a formé le projet du couronnement de la «statue miraculeuse». Il en obtient la faveur du pape LéonXIII.
Lors de la première guerre des manuels, la congrégation de l'Index condamne quatre manuels de morale laïque comme contraires aux doctrines chrétiennes et en interdit la lecture. Le ministère des Cultes ayant défendu que ce décret soit lu dans les églises de France, Joseph Bonnet choisit de passer outre et fait largement diffuser la condamnation dans son diocèse[1].
D'azur à la croix d'or chargée d'un Sacré Cœur de gueules[2].