Selon une enquête réalisée en 2005 à propos du scandale sexuel de l'archidiocèse de Philadelphie(en), alors que Joseph Cistone était assistant vicaire en 1996, il aurait contribué à faire taire une religieuse qui tentait d'avertir les paroissiens de St. Gabriel à propos d'abus commis par un prêtre[4].
Une semaine après avoir été nommé à la tête du diocèse de Saginaw, Joseph Cistone fut interrogé par une journaliste concernant cette enquête et le rôle qu'il a joué dans l'affaire. L’évêque a exprimé son mécontentement de ne pas avoir eu suffisamment l'occasion de donner sa version des faits[5].