Juan Francisco Estrada est un boxeur mexicain né le à Puerto Peñasco.
Passé professionnel en 2008, il devient champion du monde des poids mouchesWBA & WBO le après sa victoire aux points contre Brian Viloria[1],[2]. Il conserve son titre le en dominant aux points Milan Melindo puis Richie Mepranum le par abandon à l'appel de la dixième reprise et Giovani Segura le par arrêt de l'arbitre au 11eround. Estrada poursuit sa série de victoires face à Joebert Alvarez et Rommel Asenjo le puis contre Hernan Márquez par KO au 10eround le .
Le , il laisse ses titres vacants pour combattre en super-mouches. Il bat successivement Raymond Tabugon, Anuar Salas et Carlos Cuadras. Le boxeur mexicain obtient toutefois une nouvelle chance mondiale en poids mouches en affrontant le champion WBC, Srisaket Sor Rungvisai, mais s'incline aux points le . Il prend toutefois sa revanche face au Thaïlandais le , s'emparant à cette occasion de la ceinture WBC des super-mouches, ceinture qu'il conserve le en battant par arrêt de l'arbitre au 9eround Dewayne Beamon et le Carlos Cuadras aux points. Le , il bat aux points Román González, champion WBA de la catégorie, et réunifie ainsi les deux titres pour la première fois depuis Vic Darchinyan en 2010.
Juan Francisco Estrada ne remet pas ces deux titres en jeu et sont déclarés vacants. Le , il affronte Argi Cortes qu'il bat aux points puis le suivant, il domine également aux points Román González et s'empare à nouveau de la ceinture WBC des poids super-mouches. Le , à l'occasion de la première remise en jeu de ce nouveau titre, Estrada perd par KO au 7eround contre Jesse Rodríguez Franco pour ce qui est la première défaite avant la limite de sa carrière.