Juan Morillo signe son premier contrat professionnel en 2001 avec les Rockies du Colorado. Il fait ses débuts dans le baseball majeur avec cette équipe le . Il est lanceur partant des Rockies à cette occasion, pour son seul match avec l'équipe en 2006. Il revient comme lanceur de relève pour Colorado le temps de 4 parties en 2007 et une autre en 2008. Le , il est cédé au ballottage par les Rockies[2] et réclamé par les Twins du Minnesota[3], pour qui il lance deux manches comme releveur dans la saison qui suit.
