De retour en Australie, Raper est nommée vice-chancelière adjointe de la recherche et de l'innovation à l'Université de Wollongong en , poste qu'elle occupe jusqu'en [16]. Elle dirige des appels d'offres pour des subventions d'immobilisations[pasclair] du gouvernement fédéral d'une valeur de 135 millions de dollars[17]. En 2017, Raper est la deuxième femme à remporter la médaille Chemeca de la Fédération australienne et néo-zélandaise des ingénieurs chimistes. Lors de son discours d'acceptation du prix, elle évoque le besoin de diversité dans l'ingénierie[18] et souligne le besoin d'accroître l'égalité des sexes et la diversité au sein de l'Université de Wollongong[19]. Raper nomme Valerie Linton au poste de doyenne de l'ingénierie et des sciences de l'information en 2018[20].
↑(en) Raper, Judy Agnes, Chemical Engineering, Faculty of Applied Science, UNSW, Hydrodynamic mechanisms on industrial sieve trays, University of New South Wales. Chemical Engineering, Faculty of Applied Science, (lire en ligne)
↑(en) National Research Council, Division on Earth and Life Studies, Board on Chemical Sciences and Technology et Chemical Sciences Roundtable, Bioinspired Chemistry for Energy: A Workshop Summary to the Chemical Sciences Roundtable, National Academies Press, (ISBN9780309178631, lire en ligne)
↑(en) National Research Council, Division on Earth and Life Studies, Board on Chemical Sciences and Technology et Chemical Sciences Roundtable, Bioinspired Chemistry for Energy: A Workshop Summary to the Chemical Sciences Roundtable, National Academies Press, (ISBN9780309114875, lire en ligne)
↑(en) Chew, N.Y.K Tang, P Chan, H-K Raper, Judy A, «How Much Particle Surface Corrugation is Sufficient to Improve Aerosol Performance of Powders», Pharmaceutical Research, Research Online, vol.22, no1, , p.148–52 (OCLC809527965, PMID15771241, DOI10.1007/s11095-004-9020-4)
↑(en) Coates, M S Fletcher, D F Chan, H-K Raper, Judy A, Influence of Air Flow on the Performance of a Dry Powder Inhaler using Computational and Experimental Analyses, Research Online, (OCLC1066719656)