Kennedy est décédé d'un Cancer du pancréas à Houston à l'âge de 61 ans[3]. Au moment de sa mort, il est professeur à l'Université John et Ann Doerr au département d'informatique de Rice et directeur du Center for High Performance Software Research (HiPerSoft). Au , il a dirigé les thèses de doctorat de 38 étudiants diplômés et les thèses de maîtrise de 8 étudiants[2].
La dernière publication de Kennedy est intitulée The rise and fall of High Performance Fortran: an historical object leson[4] dans laquelle Kennedy discute de l'échec général du langage High Performance Fortran qu'il a défendu.