En 1981, il est élu membre de la Royal Society[2] et reçoit leur médaille Gabor 1997[3] «en reconnaissance de ses réalisations en biologie moléculaire, en particulier sa analyses pionnières des structures biologiques et des virus, et son développement de l'utilisation du rayonnement synchrotron pour les expériences de diffraction des rayons X, désormais une technique largement utilisée non seulement en biologie moléculaire mais en physique et en science des matériaux[4]».
Il reçoit à la fois le prix européen Latsis en 2000 pour ses travaux sur la structure moléculaire et le prix Gregori-Aminoff de l'Académie royale des sciences de Suède en 2001[5].
Sa biographie scientifique d'Aaron Klug, Aaron Klug - A Long Way from Durban: A Biography est publiée en 2017 par Cambridge University Press. En 2021, il reçoit le prix Lennart-Philipson[6].
