En 2005, il joue 18 parties de moins que la saison précédente, mais atteint les 70 points produits. À l'automne, il prend part à ses premières séries éliminatoires et frappe 4 coups sûrs en 10 présences au bâton (moyenne de ,400) dans les trois parties qui voient les Padres subir l'élimination aux mains des Cards de Saint-Louis.
Après une baisse de régime en 2006, Greene établit des marques personnelles de 27 circuits et 97 points produits pour San Diego en 2007.
Pour les Cardinals, champions de division en 2009, Greene voit peu d'action. En 77 matchs joués, il frappe pour à peine ,200. En cours d'année, il s'absente à deux reprises après qu'un médecin lui a diagnostiqué un problème de trouble anxieux[1].
Rangers du Texas
Devenu agent libre, il signe en janvier 2010 un contrat d'un an pour 750 000 dollars avec les Rangers du Texas[2]. Cependant, il est libéré de son contrat le après qu'il ne s'est pas présenté à l'entraînement de printemps des Rangers. Selon l'équipe, la décision a été prise à l'amiable et a été motivée par les problèmes d'anxiété dont Greene souffrait toujours[3].
