En 1999 Mgr Bahujimihigo a fait parler de lui en intervenant pour prendre la défense des missionnaires accusés de complicité dans le génocide de 1994. Le défi de l'église du Rwanda est encore la réconciliation entre les diverses composantes du pays.
Le , il a démissionné de sa fonction d'évêque[1], sans aucune précision de la part du Vatican sinon que: Le Saint-Père a accepté la renonciation à la charge pastorale du diocèse de Kibungo (Rwanda), présentée par Mgr Kizito Bahujimihigo en conformité avec le canon 401,2 du CIC[2].
