Ce genre est créé en 2013 par reclassement de quatre espèces auparavant rattachées au genre Enterobacter, déjà comptées dans la famille des Enterobacteriaceae[1].
Jusqu'en 2016 il était rattaché par des critères phénotypiques à la famille des Enterobacteriaceae. Malgré la refonte de l'ordre des Enterobacterales par Adeolu et al. en 2016 à l'aide des techniques de phylogénétique moléculaire, Kosakonia reste dans la famille des Enterobacteriaceae dont le périmètre redéfini compte néanmoins beaucoup moins de genres qu'auparavant[2].