Le lac Shalkar se situe à 127 kilomètres au nord-nord-ouest de la mer d'Aral. Il se trouve dans le bassin de Chalkar, un vaste bassin structural tectonique entre les monts Mougodjar à l'ouest et le désert de Barsuki(en) à l'est[1].
La rivière Kauyljyr(en) coule du nord jusqu'à son extrémité nord. Le lac se compose actuellement d'une succession de mares résiduelles de forme plus ou moins ovale, avec une étendue de terrain aride en son centre. Les mares qui le forment gèlent en moyenne début novembre et dégèlent entre fin mars et début avril. L'épaisseur de la glace au cœur de l'hiver atteint entre 50 et 70 centimètres[1],[2].
L'altitude du lac est de 167,0 mètres et sa superficie est de 5,65 à 7,9 km2, sa longueur de 7,0 kilomètres et sa largeur maximale de 1,8 kilomètres. Ses rives nord et nord-est sont plates, les autres sont escarpées. Le lac est situé dans le même bassin que le vieux lac Chalkar(en). Autrefois, les deux ne formaient qu'un seul lac d'eau saumâtre. En 1937, un barrage en pierre et béton a séparé le lac en deux: le lac d'eau douce au nord-est (lac Chalkar) et le lac d'eau amère au sud-ouest (vieux lac Chalkar). Les années de fortes crues, une partie de l'eau du lac s'écoule dans le lac Chalkar par l'orifice du barrage. La rivière Kauljyr s'y jette, alors qu'elle s'écoulait auparavant du vieux lac. L'eau est douce, avec une teneur en minéraux de 400 à 500 mg/l.
La ville de Chalkar se situe sur la rive nord-est du lac. Ce dernier alimente en eau la ville et les gares ferroviaires voisines[1].