Le nom de l'étendue d'eau provient du mot nahuatlTzompanco, composé des mots tzompantli («mur de crânes») et de la terminaison -co, qui indique un lieu, un site ou un espace occupé. Zumpango signifie donc «lieu où se trouve le tzompantli» ou «lieu de la rangée de crânes»[1].
Jadis, la lagune de Zumpango faisait partie des cinq lagunes de la vallée de Mexico qui constituait un système endoréique ou fermé.
À partir du XVIIesiècle, le gouvernement colonial espagnol cherche à drainer le bassin fermé de la vallée de Mexico et en évacuer l'eau, à la suite des nombreuses et parfois catastrophiques inondations qui affectaient la ville de Mexico. Les eaux de la lagune de Zumpango sont alors connectées au bassin du río Tula au moyen d'un tunnel (ce qui est un échec), puis d'une tranchée appelée Tajo de Nochistongo, grands travaux d'ingénierie hydraulique de cette époque[2]. De ce fait, son extension est considérablement réduite. Ces travaux sont continués au cours du XIXesiècle et au début du XXe.
Le lac subit un long processus de dégradation de la qualité de ses eaux, à la suite de la forte présence d'établissements humains sur ses rives. Les collectivités locales et le gouvernement de l'État de Mexico élaborent des programmes pour sa sauvegarde et sa récupération, vu qu'il représente une grande valeur écologique pour le bassin de Mexico, et pour protéger la grande quantité d'espèces migratoire qui trouvent refuge sur ses rives et dans ses eaux.
En 2023, la lagune de Zumpango se retrouve complètement asséchée et est envahie par la jacinthe d'eau (Crassipes crassipes). Ce site, autrefois une attraction touristique, employait des dizaines de familles locales qui y tenaient des restaurants, des boutiques et proposaient des excursions en bateau aux touristes qui affluaient chaque week-end. Depuis, il est totalement abandonné. Les plus de 2 000 hectares, que recouvrait jadis la lagune, sont désormais facilement accessibles à pied, en voiture ou à moto, car le niveau de l'eau a tellement baissé en 2023 qu'il s'est complètement asséché à la mi-septembre[3],[4]. Entre janvier et , d'importants incendies ravagent les prairies et les jacinthes d'eau desséchées de ce qui reste du lac, entraînant une forte dégradation de la qualité de l'air dans les environs. L'armée intervient pour lutter contre les incendies[5],[6],[7],[8]. Dans les mois qui suivent, des cultures sont découvertes dans l'ancienne lagune, sa nappe phréatique est exploitée et des eaux usées y sont rejetées[9]. Avec l'arrivée de la saison des pluies, des millions de mètres cubes sont remplis[10].
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