Linkle Liver Story est un jeu d'aventure de type action-RPG avec une caméra en vue de dessus[1]. Le joueur incarne Kitsch, une jeune fille renarde qui s'entraîne pour succéder au chef en tant que gardienne du peuple des bêtes[1],[4]. Kitsch est accompagnée de Puchimuku, une petite créature rose qui peut charger les ennemis et récupérer les objets[2],[3]. Le jeu utilise quatre boutons pour le gameplay, A pour la magie, B pour les attaques, C pour les sauts et Z pour les objets[3]. Les boutons L-R servent à changer d'arme. En tapotant deux fois sur le bouton C, le personnage se met en charge et gagne en vitesse de déplacement[3]. Linkle Liver Story dispose d'une carte du monde matérialisée par un globe qui permet le changement de niveau et également de sauvegarder la partie[2],[3].
Sept armes seront disponibles au cours de l'aventure (gants, boomerang, marteau, hache, lance, épée, canne) et chaque arme se distingue par sa puissance d'attaque, sa vitesse et sa portée[2],[4],[5]. Contrairement à la plupart des RPG des années 90, les armes ne peuvent ni s'acheter ni se vendre[4]. Elle se récupèrent dans le « continent des saisons » en échange de perles, que Kitsch gagne en petite quantité en éliminant des ennemis et dans les coffres ; tuer un boss octroie beaucoup plus de perles[2],[5]. Trois arbres représentent la force, la vitesse et la portée de l'arme ; en plantant une graine en plein milieu des trois arbres, Kitsch récupérera une baguette, si elle se place sur l'arbre avec l'inscription de la portée, elle récupérera un boomerang[4]. Les perles servent également à faire monter de niveau les armes : 50 perles pour niveau 1, 100 pour le niveau 2, 150 pour le niveau 3 et 200 perles pour le niveau 4[5].
