Sa brillante carrière prend fin brusquement en , quand il est surpris à boire de l'alcool alors qu'il est de service. Il est rétrogradé à simple pilote, et condamné à 4 mois de prison. Son père écrit à Hermann Göring pour demander la clémence, et sa peine est réduite à six semaines d'arrêts de rigueur, mais sa dégradation est maintenue[1].
Revenu en unité opérationnelle, Lothar Sieber est prêt à tout pour se racheter et retrouver son grade. En il participe aux essais de l'avion de transportArado Ar 232, capable de décollages courts quel que soit l'état du terrain grâce à son train d'atterrissage révolutionnaire, composé de 10 petites roues sous le fuselage. Sieber mène notamment des essais de fusées d'aide au décollage. Il est tellement sûr de ses talents de pilote de multimoteur qu'il effectue un looping avec un Junkers Ju 52. Il est affecté en au Kampfgeschwader 200 (KG 200), l'escadrille des "opérations spéciales"[1].
Il est remarqué par le SturmbannführerSSOtto Skorzeny lorsqu'il se pose derrière les lignes ennemies avec un Arado Ar 232 pour sauver 23 de ses camarades du KG 200 encerclés par les Soviétiques en Ukraine. Sous le feu ennemi, Sieber parvient à redécoller et rejoint sa base en volant à très basse altitude. Cet exploit lui vaut une lettre de félicitations du commandant du KG 200, l'Oberst (colonel) Werner Baumbach, et il est décoré de la Croix de fer de 1ère classe. Après d'autres exploits lors de sorties très risquées, Otto Skorzeny le recommande pour une autre médaille, la Croix allemande (en allemand, Deutsches Kreuz) en or. Surtout, Skorzeny lui propose d'accomplir une mission pour la SS. S'il la réussit, il pourra non seulement récupérer son ancien grade mais être même promu Oberleutnant (lieutenant). Il s'agit de piloter le Bachem Ba 349, un programme ultra-secret soutenu par la SS[1].
Pilote d'essai du Bachem
Un Bachem Ba349 capturé par les Britanniques et exposé à Londres, marques de nationalité rajoutées et non conformes
Lothar Sieber arrive le au site de tests de Heuberg près de Bad Waldsee, le jour du premier essai réussi de tir vertical d'un "Natter" sans pilote, le prototype M16. Sieber assiste également à l'essai réussi du prototype M22, le : après un tir vertical, un mannequin simulant le pilote revient au sol en parachute après la séparation automatique de la cabine de pilotage et du reste du fuselage contenant les moteurs-fusées et leur dangereux carburant[1].
Le premier vol vertical avec pilote a lieu le avec le prototype M23. C'est le premier vol de Lothar Sieber sur le "Natter". Le décollage se déroule normalement, mais cinq secondes après l'allumage, la verrière se détache (elle est retrouvée intacte au sol), et Sieber perd le contrôle. L'appareil disparaît dans les nuages, déviant de sa trajectoire verticale théorique, et s'écrasa après une minute de vol. L'équipe de sauvetage trouva un cratère de 5 m de profondeur. On retrouva seulement la main et l'avant-bras gauche de Sieber, une partie de sa jambe gauche et un fragment de son crâne. L'équipe de Bachem supposa que Sieber avait subi une accélération si importante (au moins trois G) qu'il avait perdu connaissance et avait involontairement tiré le manche vers lui. Il n'a pas repris connaissance à temps pour évacuer l'avion. Après cet accident, le Bachem 349 fut doté d'un pilote automatique pour ne pas dévier de sa trajectoire durant la phase de lancement. Cependant il n'y eut plus de vols avec pilote à bord, seulement des lancements à partir d'une tour. Lothar Sieber fut enterré avec les honneurs militaires à Nusplingen et promu Oberleutnant à titre posthume. Il était fiancé à Gertrud Nauditt, âgée de 26 ans[1].
Brian Ford, Les armes secrètes allemandes: l'arsenal de la dernière chance, Marabout, coll.«Histoire illustrée de la Seconde Guerre mondiale, série armes» (no18),
(en) Tony Wood et Bill Gunston, Hitler's Luftwaffe: a pictorial history and technical encyclopedia of Hitler's air power in World War II, Londres, Salamander Books Ltd., , 247p. (ISBN978-0-861-01005-9 et 978-0-517-22477-9)
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