Fils de Pierre Pujol, bourgeois de Paris, tailleur de la Reine, et de Jeanne Henriette Vanzut, beau-frère du général-baron Jean Rabusson et du peintre Horace Vernet, Louis Pujol s'enrôle dans la Marine d'état comme novice en et est nommé aspirant de marine en 1807. Embarqué sur le brickL'Abeille comme second du capitaine Mackau, il se distingue lors du combat naval au cours duquel son navire s'empare du brick anglais L'Alacrity le (victoire qui lui vaut d'être promu enseigne de vaisseau), puis se signale à nouveau dans la défense du port de Livourne attaqué par la marine anglaise en .
Passé à bord du brick Le Zéphir, l'enseigne Pujol fait partie de la flottille chargée de rapatrier les prisonniers français détenus sur l'île de Cabrera. Les deux lettres qu'il adressa à ses sœurs en pour relater la découverte des conditions de détention horribles des captifs et évoquer l'état dramatique des survivants apportent un témoignage bref mais essentiel, par leur caractère à la fois unique et poignant, sur cet épisode de l'histoire napoléonienne[2].