Il a épousé en 1562 une certaine Louise de La Béraudière (d'une famille poitevine). La tradition et de nombreux travaux généalogiques présentent cette dernière comme la Louise de La Béraudière de "l'escadron volant" de la régente Catherine de Médicis, alias la belle Rouet, mère de Charles de Bourbon puis femme de Robert de Combault sire d'Arcis. En fait, cette information n'est donnée ni par les contemporains Brantôme et Pierre de l'Estoile, ni par les d'Hozier et le Père Anselme aux XVIIe – XVIIIe siècles. Après Louis-Pierre d'Hozier, l'historien Roger Trinquet a montré qu'il s'agirait en fait de deux cousines éloignées homonymes, chacune mère, entre autres enfants, d'une fille nommée Claude (mais Claude de Madaillan d'Estissac ne peut être confondue avec Claude de Combault d'Arcis)[1],[2],[3],[4].
La femme de Louis d'Estissac était fille de Philippe de La Béraudière, seigneur d'Ursay, et de Françoise de Vivonne ; alors que sa cousine à la mode de Bretagne, la "Belle Rouet", était fille de René (Louis) de La Béraudière, chef de la branche de l'Isle-Rouet (cette branche des La Béraudière avait hérité de L'Isle-Jourdain et des fiefs de Rouet/Rouhet et Beaumont en Poitou) et de Madeleine du Fou de L'Isle-Jourdain du Vigeant.
Louis d'Estissac étant mort en 1565, Louise, qui ne se remaria pas, éleva seule les deux enfants qu'ils eurent, un fils, Charles, et une fille Claude. L'éloge qu'en fait Montaigne dans un de ses Essais, "de l'affection des pères aux enfants" paraît dans ces conditions moins surprenant. Et c'est forcément elle qui est la dame de Coulonges-les-Royaux puisqu'il s'agit d'un fief des Madaillan d'Estissac.
Leur fille Claude de Madaillan, dame d'Estissac en Périgord[5], épousa François IV de La Rochefoucauld, d'où François V, père du célèbre mémorialiste et moraliste François VI.
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