Peu de ses œuvres ont été conservées : une Missa super 'Si mon service a mérite', quatre motets, un Salve Regina et douze chansons néerlandaises, dont certaines sont incomplètes.
Les chansons néerlandaises sont les suivantes :
- (nl) Een bier een bierenbroyken (Une bière, une bouillie à la bière)
- (nl) Ghequetst ben ic van binnen (Je suis blessé à l'intérieur)
- (nl) Ick seg adieu, wij twee wij moeten scheiden (Je te dis adieu, il faut qu’on se sépare)
- (nl) Ick zou studeren in eenen hoeck (Je voulais étudier dans un coin)
- (nl) Ic zou studeren in eenen hoeck (chez Phalesius, une version révisée de la composition précédente)
- (nl) Laet varen alle fantasie (Cessez de vous soucier)
- (nl) Princersselijck greijn, die ic ghern aenschouwe (Princesse, celle que j'aime contempler)
- (nl) Princersselijck greijn, die ic gern aenschouwe (chez Phalesius : une version révisée de la composition précédente)
- (nl) Susanna heur baeiende in een fontein (d'après le modèle de Susanne un jour du compositeur Didier Lupi Second)
- (nl) Schoen liefken daer alle mijnen troost aen staet (Belle fille, seule en état de me secourir)
- (nl) Schoon lief uut charitaten (Bel amour, par pitié)
- (nl) Vruecht en deucht mijn hert verhuecht (Plaisir et vertu réjouissent mon cœur)
Ces chansons furent principalement insérées dans deux anthologies : Dat ierste boeck vanden nieuwe Duijtsche liedekens, publiée par l’éditeur Jacob Baethen à Maastricht en 1554, et Een Duijtsch musijck boeck, publiée conjointement par Peeter Phalesius à Louvain et Jean Bellerus à Anvers en 1572. Une seule de ces chansons est également conservée dans un autre manuscrit. Des huit chansons du recueil de Baethen, dont aucun exemplaire complet n'a été retrouvé, certaines furent reprises par Phalesius et Bellerus dans leur anthologie de chansons néerlandaises, dont on conserve une copie intégrale qui contient sept chansons d'Episcopius, y compris un nombre d'autres que l'on ne trouve nulle part ailleurs.