Harboe naît dans la péninsule de Broager à Sønderborg, au Danemark. Il est principalement ses études en Allemagne. Il fréquente le gymnase de Hambourg, où il reste deux ans. Il étudie ensuite aux universités de Rostock, Wittemberg et Iéna, avant de retourner chez lui à Broager en 1732. En 1738, Harboe est prêtre à Garnisonskirken et en 1739, il devient prêtre à Kastelskirken, deux églises situées à Copenhague[1],[2].
Harboe est envoyé en Islande en 1741 pour inspecter l'état de l'église locale au nom de l'Église du Danemark. Il y initie certaines réformes et, pendant son séjour (en 1743), est nommé évêque du diocèse de Trondheim. Après son retour à Copenhague en 1745, il est consacré évêque et part rapidement pour Trondheim, siège de son nouveau diocèse. Il arrive à Trondheim le et y exerce ses fonctions pendant deux ans avant de quitter son poste et de retourner à Copenhague[3].
Après son retour à Copenhague en 1748, Harboe épouse Frederikke Louise Hersleb (1720-1780), la fille de Peder Hersleb, évêque du diocèse de Seeland. Il travaille ensuite avec son nouveau beau-père au Danemark, et lorsque Hersleb meurt en 1757, Harboe est nommé pour le remplacer. Il y exerce ses fonctions jusqu'à sa mort en 1783[4].
