En 2009, à la mort d'Omar Bongo, son fils Ali prend le pouvoir et nomme Magloire Ngambia ministre de l'Économie. En 2012, il est nommé à la tête du superministère de la Promotion des investissements, des Transports, des Travaux publics, de l’Habitat, du Tourisme et de l’Aménagement du territoire. Son influence devient alors considérable. En 2014, il est dans le classement des «50 qui font le Gabon» de Jeune Afrique[2].
Cependant, dès 2014, son ministère est privé de la Promotion des investissements. Le , il est déchu de son poste ministériel et nommé conseiller à la présidence[1].
Le , il est arrêté dans le cadre de l'enquête sur l'«affaire Santullo», du nom d'un homme d'affaires italien qui réclame des centaines de millions d'euros à l'État gabonais. Magloire Ngambia est soupçonné de violations des procédures d’attribution des marchés[1].
