Mahouš se trouve à 18 km à l'est-nord-est de Prachatice, à 19 km à l'ouest-nord-ouest de České Budějovice et à 116 km au sud de Prague[4].
La commune est limitée par Olšovice au nord-ouest, par Hlavatce au nord, par Sedlec à l'est, par Němčice et Babice au sud, et par Netolice à l'ouest[5].
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