En présence d'une maladie de Roger, la seule précaution à prendre est la prévention de l'endocardite infectieuse, complication rare mais grave. Celle-ci passe par le traitement antibiotique de toute infection liée à une bactérie et l'éradication de tout foyer infectieux chronique, tout particulièrement dentaire. À ce titre, on a coutume de dire qu'un patient porteur d'une Maladie de Roger doit consulter son dentiste plus souvent (tous les 6 mois) que son cardiologue, en le prévenant de sa maladie afin que les soins dentaires soient faits sous antibiothérapie prophylactique.
Une surveillance cardiologique régulière reste cependant recommandée en raison de la possibilité qu'apparaisse au cours de l'évolution une insuffisance aortique (syndrome de Pezzi-Laubry)[3],[4]. Cette complication, rare, est la seule circonstance qui pourrait justifier la fermeture chirurgicale de telles communication interventriculaire (plus pour éviter l'aggravation de cette fuite aortique qu'en espérant la voir disparaitre).