Fondé en 1993, Manifesto est le successeur de labels indépendants datant de 1968, en particulier Bizarre Records et Straight Records).
Manifesto a sorti le catalogue complet de Dead Kennedys en 2001 après que le groupe ait obtenu les droits d' Alternative Tentacles. Manifesto est également le siège d'une imprimerie de Mark Volman et Howard Kaylan de The Turtles, appelée FloEdCo; cette marque a publié des albums de The Turtles et Flo & Eddie. En , Manifesto a réédité l'intégralité du catalogue de Lee Michaels qui était sur A&M Records .
En , le label a annoncé qu'il signait plusieurs nouveaux artistes, dont Puro Instinct, Drinking Flowers, Cellars et Band Aparte[1].
En 2017, Manifesto a sorti un coffret complet d'enregistrements d' Allan Holdsworth, et a également déterré d'autres enregistrements de Tim Buckley et de Screamin 'Jay Hawkins.
En , Manifesto a sorti un coffret de neuf CD des enregistrements complets de Kalapana de 1975 à 1983.
