Le , Manuel Gayoso de Lemos a assumé le commandement militaire et civile du fort et du district nouvellement organisée de Natchez (anciennement fort Rosalie de la Louisiane française). La même année, il rencontre le général James Wilkinson à la Nouvelle-Orléans. À cette époque, les américains ne sont pas autorisés à commercer avec La Nouvelle-Orléans. James Wilkinson entreprend de convaincre le gouverneur espagnol, d'accorder au Kentucky un monopole commercial sur le fleuve Mississippi; en échange il promet de défendre les intérêts espagnols dans l'Ouest. En , James Wilkinson signe une déclaration d'expatriation et jure allégeance au Roi d'Espagne qui en échange lui verse une rente.
En 1792, il fut ensuite nommé gouverneur du district par le gouverneur général Esteban Rodríguez Miró, gouverneur de la Louisiane espagnole et de la Floride espagnole. À son arrivée, Gayoso de Lemos a établi un cabildo (conseil municipal) avec les planteurs franco-louisianais.
En , Gayoso a une entrevue avec le botaniste André Michaux qui explorait les Illinois et les bords du Mississippi.
En 1798, Gayoso de Lemos, a publié un édit complet faisant du catholicisme, la religion officielle de la colonie. En plus d'augmenter la dîme en faveur de l'église, il a tenté de contraindre les gens de ne plus travailler les dimanches et les jours saints.
