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En 1850, il débute, sous les ordres de son père, une carrière dans l'armée et obtient le grade de capitaine puis de colonel. Lorsque son père prend la qualité d’Altesse Sérénissime[3], l'armée lui confère le rang de commandant.
Santa Anna continue la pratique des gouvernements précédents en versant de fortes sommes aux politiques et aux militaires pour s'assurer de leur loyauté.[réf.nécessaire] Mais en , républicains conservateurs et libéraux s'unissent une nouvelle fois[Information douteuse], et avec l'aide des troupes de résistants[Lesquels?], déclenchent la révolution d'Ayutla qui renverse Santa Anna qui doit s'enfuir à Cuba puis à nouveau en Colombie[3]. Des caciques puissants et respectés tels que Santiago Vidaurri au Nuevo León et Manuel Doblado dans le Guanajuato se joignent à ses opposants et leur fournissent des troupes.L'étendue de sa corruption est rendue publique, il est jugé par contumace pour trahison et ses biens au Mexique sont confisqués.[réf.nécessaire]
Il vit alors avec sa famille en Colombie (où il agit en bienfaiteur de Turbaco) puis dans l'île de Saint-Thomas. Les lois publiées en 1856 par le gouvernement de Ignacio Comonfort confisquèrent tous les biens de Santa Anna et ses haciendas furent vendues au profit de la Nation.
En 1874, Manuel López de Santa Anna revient au Mexique avec sa famille. Son père meurt en 1876. Santa Anna débute alors une carrière politique et soutient la politique du général Porfirio Díaz.
En 1884, il est élu sénateur sous l'étiquette du parti national porfiriste. Il est ensuite réélu en 1888 et 1892, et meurt durant son troisième mandat en 1895.
Le , il épouse Victoriana Cortés y Borbón, descendante du roi Philippe V d'Espagne. Le couple a deux filles: Soledad López de Santa Anna Cortés Borbón et Agustina Rosa López de Santa Anna Cortés Borbón[réf.nécessaire].