Manuel Nin est né dans la ville d'El Vendrell dans la province catalane de Tarragone (Espagne)[3]. Il commence l'école primaire dans sa ville natale, puis ses études secondaires au Colégio la Salle à Reus. Après avoir terminé sa scolarité, il entre à l'Abbaye de Montserrat en tant que candidat le [4], où il est reçu au noviciat de l'Ordre de Saint-Benoit, en avril suivant. Il a prononcé ses vœux temporaires le et ses vœux solennels le [5],[6]. Il commence ensuite ses études jusqu'à son baccalauréat en théologie, au séminaire de Montserrat, pendant lesquelles sa spécialisation se situe dans les langues classiques[4] (latin, grec et syriaque).
Après avoir terminé son noviciat, Manuel Nin est envoyé étudier à Rome, en 1984, où il poursuit une licence en Patristique à l'Institut Patristique de l'Augustinianum[5], en plus d'une thèse à l'Institut pontifical oriental et d'une autre sur la liturgie bénédictine à l'Institut liturgique pontifical. En même temps, il poursuit sa formation monastique à l'Athénée pontifical Saint-Anselme, un centre international d'études pour l'ordre bénédictin.[réf.nécessaire] En achevant ses travaux théologiques en 1987, il se rapproche de sa communauté monastique de Montserrat, où il est affecté à l'enseignement de la théologie, la Patristique et à l'introduction de la liturgie chrétienne orientale[5].
Manuel Nin revient à Rome, en 1989, pour travailler sur sa thèse de doctorat[5]. Il termine sa thèse portant sur un religieux grec du Vesiècle, intitulé "John the Solitary: The Five Discourses on the Beatitudes" à la fin 1991[réf.nécessaire]. Par ailleurs, il reste à Rome, enseignant aux différents instituts liés à son domaine d'études[5].
Le , il est nommé exarque apostolique de l'Église grecque-catholique hellène[4] par le pape François[8],[6], tout en étant consacré évêque titulaire de Carcabia(de)[3],[8]. Il succède à Dimítrios Saláchas[8],[6]. Il est à la tête de la petite communauté catholique grecque de rite byzantin, comptant plusieurs milliers de personnes réparties sur l'ensemble de la Grèce[9], environ 6 000 personnes dont un peu moins de 1 000 Grecs[3]. Trois exarques grecs orthodoxes s'élèvent contre cette nomination, estimant que cette juridiction catholique n'a pas lieu d'être[10].
Polyglotte, Manuel Nin parle le catalan, l'espagnol, le syriaque, le grec, l'italien, le français, et l'anglais[6].