Les ressources fournies par la papauté sont progressivement coupées et Manuel finit par quitter Rome en 1474. Il assure son train de vie en offrant ses services martiaux à différents seigneurs en Europe, dont Galeazzo Maria Sforza à Milan et Charles le Téméraire en Bourgogne. Néanmoins, il ne trouve pas son compte et souffre des ressources toujours plus faibles fournies par le pape. Il finit par se rendre à Constantinople en 1476 et se met au service du sultan Mehmed II, le conquérant de la cité. Il est reçu généreusement et reste dans la cité de ses ancêtres jusqu'à sa mort, sous le surnom de El Ghazi. Néanmoins, il conserve sa foi chrétienne et a deux fils, Jean et André Paléologue(en).
Bien que Catherine Zaccaria meure en [1] et que Thomas fasse rapidement appeler ses enfants à Rome[6], Manuel et son frère aîné André ne rejoignent leur père que quelques jours avant la mort de celui-ci, en 1465[7]. Les deux frères, ainsi que leur sœur Zoé, quittent Corfou en 1465 pour se rendre à Rome mais arrivent après le décès de leur père. Manuel a alors dix ans et André douze. Les enfants sont confiés au cardinal Bessarion, réfugié de l’Empire byzantin depuis 1439. Bessarion assure leur éducation et arrange le mariage de Zoé avec le grand-prince Ivan III de Moscou en [7]. Manuel et Andréas demeurent à Rome avec l’accord du pape, qui reconnaît André comme l’héritier de Thomas et le légitime despote de Morée[5].
L’argent versé à leur père est considérablement réduit pour les deux frères. Thomas recevait 300 ducats mensuels du pape, plus 200 fournis par les cardinaux; après sa mort, ces derniers cessent toute contribution et les 300 ducats sont partagés entre les deux frères, réduisant une pension de 500 à seulement 150. Les courtisans de Thomas s’étaient déjà plaints que sa pension suffisait à peine pour entretenir sa maison; la réduction rend la situation financière de ses fils extrêmement précaire[8]. André tente alors de gagner de l’argent en cherchant à vendre ses droits au titre impérial à divers souverains européens, mais Manuel, en tant que cadet, n’a aucun droit monnayable[9].
Ainsi, le jeune prince quitte Rome au début de l’année 1474 pour parcourir l’Europe et chercher fortune en offrant ses services à divers souverains et nobles. En novembre, Manuel se trouve à Milan, où il propose au duc Galeazzo Maria Sforza d’entrer à son service comme militaire[9]. Le duc ne semble pas lui faire une offre satisfaisante et, l’année suivante, Manuel se rend à Vaudémont en Lorraine pour offrir des services similaires à Charles le Téméraire, duc de Bourgogne. Charles lui propose une solde mensuelle de 100 écus, mais Manuel refuse, jugeant la somme insuffisante pour entretenir sa suite. Peu après, il retourne à Rome[10].
Manuel à Constantinople
À son retour à Rome, Manuel découvre que la maigre pension pontificale versée à lui et à André a été réduite de moitié en raison de son absence[11]. Malgré son retour, les deux frères continuent de ne recevoir que la moitié de la pension antérieure: 150 ducats au lieu de 300[12]. Désespéré de sa situation financière et conscient qu’il ne recevra jamais d’offres satisfaisantes en Europe occidentale, Manuel quitte de nouveau Rome au printemps 1476, à l’âge de vingt et un ans[10]. Contre toute attente, il se rend à Constantinople et se place sous la protection du sultan Mehmed II[10],[11].
Né après la chute de la ville, Manuel n’a jamais vu Constantinople auparavant et ignore certainement quel accueil lui sera réservé[11]. Contrairement aux réceptions froides de Milan et de Vaudémont, Mehmed le reçoit généreusement, lui attribue un domaine, une rente (une solde militaire de 100 aspres par jour)[11] et deux concubines[10],[13],[14]. Cette situation rappelle celle de son oncle Démétrios dans l’Empire ottoman quelques années auparavant. Manuel vit alors confortablement à Constantinople jusqu’à sa mort[10],[11]. Comme beaucoup de Grecs vivant sous domination ottomane, il demeure chrétien jusqu’à la fin[11].
À Constantinople, il devient connu sous le nom d’«el Ghazi» («guerrier saint») et il se peut qu’il serve dans la marine ottomane[14]. De ses deux concubines[11], ou peut-être d’une épouse[15], Manuel a au moins deux fils: Jean et André[13], ce dernier étant nommé en mémoire du frère de Manuel[14]. Jean meurt jeune et chrétien, tandis qu’André se convertit à l’islam[13]. Manuel meurt à une date inconnue, durant le règne du fils et successeur de Mehmed II, Bayezid II (1481–1512)[11]. On sait peu de choses de la vie ultérieure d’André, attesté pour la dernière fois sous le règne de Soliman le Magnifique (1520–1566)[16]. L’historien britannique Steven Runciman écrit qu’André prend le nom musulman de Mehmet Pacha et occupe une charge à la cour de Constantinople[17]. Aucun des deux fils de Manuel ne laisse de descendance connue[15]. Avec leur disparition, la lignée directe des proches parents des derniers empereurs byzantins s’éteint[18].
(en) John Hall, An Elizabethan Assassin: Theodore Paleologus: Seducer, Spy and Killer, Stroud, The History Press, (ISBN978-0750962612)
(en) Jonathan Harris, «A Worthless Prince? Andreas Palaeologus in Rome, 1465-1502», Orientalia Christiana Periodica, vol.61, , p.537–554
(en) Jonathan Harris, The End of Byzantium, New Haven, Yale University Press, (ISBN978-0300117868)
(en) Jonathan Harris, «Despots, Emperors, and Balkan Identity in Exile», The Sixteenth Century Journal, vol.44, no3, , p.643–661 (DOI10.1086/SCJ24244808)
(en) Peter Mallat, «A Famous 'Emperor in Exile': Thomas Palaiologos and His Descendants», The Genealogist, vol.6, , p.141–147
(en) William Miller, The Latins in the Levant: A History of Frankish Greece (1204–1556), E. P Dutton and Company, (OCLC1106830090)
(en) William Miller, Miscellanea from the Near East: Balkan Exiles in Rome, Cambridge, Cambridge University Press, coll.«Essays on the Latin Orient», (OCLC457893641)
(en) Donald M. Nicol, The Immortal Emperor: The Life and Legend of Constantine Palaiologos, Last Emperor of the Romans, Cambridge, Cambridge University Press, (ISBN978-0511583698)
(en) Steven Runciman, The Fall of Constantinople 1453, Cambridge, Cambridge University Press, (ISBN978-0521398329)
(en) Steven Runciman, Lost Capital of Byzantium: The History of Mistra and the Peloponnese, New York, Tauris Parke Paperbacks, (ISBN978-1845118952)