Issu d'une famille bourgeoise, Marcel Boillat est interne au collège Saint-Charles à Porrentruy[2] (1941-1944) puis au collège Maria-Hilf de Schwytz. Il intègre l’Ecole supérieure de commerce de Neuchâtel en 1945 dont il est diplômé en 1949[3].
Il reprend avec son demi-frère le commerce de vin en gros de son père, sous l'enseigne «Les petits-fils de Marcelin Boillat», puis transforme une exploitation agricole à Sornetan en auberge «En l’An 1851» en [3].
En 1962, il fonde avec Jean-Marie Joset, un client de son établissement, et Pierre Dériaz, le Front de libération du Jura (FLJ)[3]. Durant deux ans, il vandalise des panneaux routiers, plastique des bâtiments militaires isolés et incendie deux fermes occupées, les Joux-Derrière aux Genevez le et Sous-la-Côte à Montfaucon le , acquises par le canton de Berne et revendues à la Confédération pour créer une place d’armes au district des Franches-Montagnes[2]. Le groupe s'attaque également en , à la scierie du chef du mouvement antiséparatiste Marc-André Houmard[2].
Il est arrêté avec Joset le et condamné en à huit ans de prison[2]. Ses commerces font alors faillite[3].
Le , après une première tentative ratée, il s’évade du pénitencier de Crêtelongue. Il traverse la France et se réfugie à Barcelone, puis Madrid où il est emprisonné du au , puis libéré sous le statut de réfugié politique après le refus de Franco de l’extrader. Il serait le premier «réfugié politique suisse»[2].
En 1968, il divorce de sa première femme, mère de ses deux enfants, et épouse une Espagnole en 1970. Ensemble, ils s'installent à Daimiel, au sud de Madrid, où il travaille dans la construction puis comme chauffeur. En 1977, il devient chef du personnel d'un commerce alimentaire[3].
A la retraite, il s'adonne à la peinture. Il revient à l'automne 1987, une fois la demande d’extradition prescrite, dans le Canton du Jura pour la quarantième Fête du peuple jurassien[2].
En 2014, il expose une quarantaine de toiles à la Nef au Noirmont[2].
