En , il signe à Ruka sa meilleure performance en carrière avec une 18e place[12].
Lors du week end d'ouverture de la coupe du monde à Ruka en , Marco Heinis termine 9e et entre pour la première fois dans le top 10 d'une manche de coupe du monde[13].
Il participe en aux Jeux olympiques de Milan-Cortina, se classant 22ème lors de l'épreuve Gundersen du petit tremplin et 14ème lors de l'épreuve Gundersen sur grand tremplin. Associé à Maël Tyrode dans l'épreuve par équipes, La France composée des deux francs-comtois se classe 9ème après être partie en 6ème position à l'issue de l'épreuve de saut[14].
Le , il améliore le record de France précédemment détenu par Vincent Descombes Sevoie de 3 mètres se reposant ainsi à 233,5 sur le tremplin de Kulm qui accueillait pour la première une épreuve de vol en ski en coupe du monde de combiné nordique[15].