Après des études musicales approfondies dans une maîtrise d'église à Parme, Marazzoli s’installa en 1626 à Rome, où il devint musicien chantre dès 1637, dans le pupitre des ténors du chœur d'adultes de la chapelle papale (tout d'abord comme surnuméraire jusqu'en 1640). La même année 1637 il était entré au service du cardinal Antonio Barberini, en tant qu'aiutante di camera (auxiliaire pour la musique de la chambre). Il fut un harpiste de renom, à tel point qu’il fut surnommé « Marco de la harpe » (Marco dell'arpa).
En 1637, il obtient la charge de valet de chambre au service de la maison Barberini et entre donc au service de cette maison princière.
Dans ces années, Marazzoli a composé la musique pour le ballet La pazzia d’Orlando, l’opéra Chi soffre speri, en collaboration avec Virgilio Mazzocchi.
En 1654, il a collaboré avec Antonio Maria Abbatini pour réaliser Dal male il bene et, l’année suivante, Le armi e gli amori.
Il a également composé des opéras qui sont des comédies pour le carnaval, et des oratorios (Risurrezione et Tommaso).
Marazzoli est mort le lendemain d'un accident qui s'était produit au cours d’une célébration à la chapelle Sixtine.
