Avant de se tourner vers les arts martiaux, elle pratique l'athlétisme à l'université, sans jamais remporter de médaille lors de compétitions[1]. Après son diplôme, elle se tourne vers les arts martiaux mixtes mais ne trouvant pas d'adversaire à cause de sa taille, on lui conseille de se tourner vers le jiu-jitsu en 2014[2].
En 2014, Margarita Ochoa lance une campagne de financement pour payer son voyage et son inscription aux Championnats du monde de jiu-jitsu brésilien en Californie[2]. La campagne est un succès et, lors de ces Mondiaux, Ochoa remporte l'or[3]. Elle conserve son titre les deux années suivantes[3].
Elle remporte une médaille d'or en -45 kg en battant cinq à zério, la Vietnamienne Dao Le Thu Trang aux Jeux asiatiques en salle 2017 à Achgabat (Turkménistan)[4]. Elle reçoit une récompense de 2 millions de pesos[3]. Un an plus tôt, elle remporte là aussi l'or aux Jeux asiatiques de plage 2016 à Da Nang[4].
Lors des Jeux asiatiques de 2018, elle remporte la médaille de bronze en battant en petite finale sa compatriote Kaila Napolis deux à zéro en -49 kg féminin[5].
Aux Championnats du monde de jiu-jitsu brésilien 2018 à Malmö en Suède, elle remporte la médaille d'or en -49 kg, battant la Canadienne Ni Ni Vicky Hoang deux à zéro[6]. Elle devient alors la première sportive philippine et la première asiatique championne du monde de jiu-jitsu[6].
En 2019, aux Mondiaux de Ju-jitsu à Long Beach (Californie), elle est disqualifiée au bout de 10 secondes lors de la demi-finale face à Amber Rymartz pour une position interdite ce qui lui fait perdre la possibilité d'une qualification olympique[7]. Quelques semaines plus tard, aux 4e Championnats d'Asie de jiu-jitsu à Oulan-Bator en Mongolie, elle est médaillée d'or dans la catégorie des -45 kg en battant l'Émiratie Alyafei Wadimah en finale[8]. Margarita Ochoa part s'entraîner avec l'équipe philippine à Shibuya au Japon en amont des Jeux d'Asie du Sud-Est[1].