En 2004, Mario Aoun est chef de service à l'hôpital Libanais Geitaoui à Beyrouth et cette même année, travaille aussi à l'hôpital St Charles et se retrouve coordinateur du Courant Patriotique Libre (CPL) à Damour[1]. Il fut élu président de l'Ordre des médecins du Liban le en étant le premier du CPL à occuper ce poste[3], succédant à deux médecins qui appartenaient au Courant du Futur. En 2005, il est candidat du CPL aux élections législatives, pour le siège maronite du Chouf. Il perd les élections face à la liste de l'Alliance du 14 Mars, regroupant le Parti socialiste progressiste de Walid Joumblatt et les Forces libanaises représentées par Georges Adouan.
En parallèle, Aoun avait lancé une procédure judiciaire à l'encontre de son prédécesseur, Ghattas Khoury, membre du Courant du Futur, qu'il accuse de corruption dans le cadre de la construction du siège de l'Ordre à Beyrouth. En 2007, la justice donne raison à Khoury et sa plainte est rejetée. Les candidats soutenus par Mario Aoun et par les partis de l'opposition libanaise perdent les élections de l'Ordre des médecins cette même année, qui retombe entre les mains des partis du .
En , Mario Aoun est nommé ministre des Affaires sociales dans le gouvernement d'union nationale formé mené par le Président du Conseil des ministres du Liban, Fouad Siniora après les accords de Doha entre l'opposition et la majorité libanaise. À ce poste, il succède à Nayla Moawad[4]. Il échoue à se faire élire député maronite du Chouf en [5]. Salim Sayegh lui succède au poste de ministre en [6].
