Participant à des courses FIS à partir de 1994, il découvre la Coupe du monde cinq ans plus tard. Entre-temps, il collecte deux médailles de bronze aux Championnats du monde junior 1997 en slalom géant et super G. En 2001, il est sélectionné pour ses premiers championnats du monde à Sankt Anton, terminant 18e du slalom et marque aussi ses premiers points en Coupe du monde.
En 2002, il prend part aux Jeux olympiques de Salt Lake City, obtenant une bonne septième place.
Aux Championnats du monde 2003, il est sixième du combiné et dixième du slalom.
Aux Championnats du monde 2005, il termine au pied du podium en slalom, à la quatrième place, ce qui restera son meilleur résultat en grand championnat. Il venait juste d'obtenir son premier podium en Coupe du monde au slalom de Chamonix. Aux Jeux olympiques d'hiver de 2006, il échoue à finir le slalom et est onzième du combiné. Il se reprend sur la fin de la saison, gagnant devant le public suédois à Åre le slalom.
Aux Championnats du monde 2007, à Åre, il obtient une médaille d'argent dans l'épreuve par équipes.
Aux Jeux olympiques d'hiver de 2014, il est septième du slalom, égalant sa performance de 2002.
Markus Larsson quitte la scène sportive en 2016.
Suède
